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特定農業區農牧用地有分為已重劃跟為未重劃兩種，其變更限制亦不同，因不知您工廠的狀況，所以將其摘錄如下，請參考：
一、非都市土地特定農業區經辦竣農地重劃之農業用地，在不影響農地重劃區完整性及農業生產環境之原則下並符合下列情形之一者，得同意申請變更使用：
(一)因防止災害、國防需要、規劃農民住宅所需之用地。
(二)經行政院核定之公共建設所需用地。
(三)申請事業用地變更面積已達送區域計畫審議規模者，因無可避免使用農地重劃土地，且已依規定對使用農地重劃土地之灌、排水系統等農業建設投資未造成影響，或有影響惟已研擬相關防護與配合措施者。
(四)凹入鄉村區為自然地形、建築用地包圍或被合法建築用地包圍、夾雜之零星農業用地，符合非都市土地使用管制規則規定者。
(五)政府機關興辦公共建設或政府機關興辦提供公眾使用之設施所需用地。
(六)經中央農業主管機關專案核准與農業經營相關之農業產銷設施所需用地。
(七) 民國九十八年十二月三十一日前依據 行政院 2015年經濟發展願景 第一階段三年衝刺計畫 所規範 原設廠用地於依農地重劃條例辦竣農地重劃前已編定為丁種建築用地申請毗連土地擴展工業，且原設廠及擴展工業均屬低污染無公害事業者。
前項第五款及第六款使用土地以符合下列情形之一者為限：
(一) 申請變更用地所在地之鄉 (鎮、市、區)已辦竣農地重劃之農牧用地面積達該鄉(鎮、市、區) 非都市土地農牧用地面積百分之八十以上 。
(二)屬於農地重劃條例 第二 十二條第二項規定各款之土地。
(三) 政府機關興辦提供公眾使用之既有公共建設經目的事業主管機關認定確有擴大事業使用必要之毗連土地。
(四) 民國八十九年十二月二十八日前經專案輔導 變更 編定為特定目的事業用地 之既有農業產銷設施， 經認定確有擴展事業使用必要 之毗連土地。
二、非都市土地特定農業區非屬經辦竣農地重劃之農業用地，符合下列情形之一者，得同意申請變更使用：
(一)因防止災害、國防需要、規劃農民住宅所需之用地。
(二)國家重大建設計畫。
(三)經行政院核定之事業、公共設施或公共建設所需用地。
(四)政府機關興辦公共建設或政府機關興辦提供公眾使用之設施所需用地。
(五)中央目的事業主管機關專案核准設立之公益性福利設施。
(六)中央農業主管機關專案核准輔導興建之農業計畫所需用地。
(七)開發面積在二十五公頃以上之住宅社區。
(八)低污染之工業區。
(九)依非都市土地管制規則申請為下列使用者：
1.申請毗連土地變更為丁種建築用地。
2.申請工業區以外為丁種建築用地包圍或夾雜土地，變更為丁種建築用地者。
3.申請毗連甲種或丙種建築用地或已作住宅用地使用之零星土地變更為建築用地。
4.特定農業區供道路使用申請變更編定為交通用地。
5.因重大建設計畫或重大交通建設計畫土地被徵收，申請於自有土地或依已核定住宅重建案變更編定為建築用地。
6.因徵收或撥用，至剩餘建築用地畸零狹小，申請毗鄰土地變更編定為建築用地。
7.特定農業區內公立公墓更新計畫申請變更為墳墓用地。
8.離島或原住民保留地因住宅興建計畫申請變更編定為建築用地。
(十)依非都市土地變更編定執行要點第八點規定，經檢具目的事業主管機關核准文件，申請變更編定為特定目的事業用地者。但申請作為營建土石方收容處理場所者，以依「營建剩餘土石方處理方案」設置且符合下列範圍之使用，始得同意申請變更使用：
1.土方銀行。
2.土石方資源堆置處理場作為暫屯、堆置、填埋、轉運、回收功能者。
一、非都市土地特定農業區經辦竣農地重劃之農業用地，在不影響農地重劃區完整性及農業生產環境之原則下並符合下列情形之一者，得同意申請變更使用：
(一)因防止災害、國防需要、規劃農民住宅所需之用地。
(二)經行政院核定之公共建設所需用地。
(三)申請事業用地變更面積已達送區域計畫審議規模者，因無可避免使用農地重劃土地，且已依規定對使用農地重劃土地之灌、排水系統等農業建設投資未造成影響，或有影響惟已研擬相關防護與配合措施者。
(四)凹入鄉村區為自然地形、建築用地包圍或被合法建築用地包圍、夾雜之零星農業用地，符合非都市土地使用管制規則規定者。
(五)政府機關興辦公共建設或政府機關興辦提供公眾使用之設施所需用地。
(六)經中央農業主管機關專案核准與農業經營相關之農業產銷設施所需用地。
(七) 民國九十八年十二月三十一日前依據 行政院 2015年經濟發展願景 第一階段三年衝刺計畫 所規範 原設廠用地於依農地重劃條例辦竣農地重劃前已編定為丁種建築用地申請毗連土地擴展工業，且原設廠及擴展工業均屬低污染無公害事業者。
前項第五款及第六款使用土地以符合下列情形之一者為限：
(一) 申請變更用地所在地之鄉 (鎮、市、區)已辦竣農地重劃之農牧用地面積達該鄉(鎮、市、區) 非都市土地農牧用地面積百分之八十以上 。
(二)屬於農地重劃條例 第二 十二條第二項規定各款之土地。
(三) 政府機關興辦提供公眾使用之既有公共建設經目的事業主管機關認定確有擴大事業使用必要之毗連土地。
(四) 民國八十九年十二月二十八日前經專案輔導 變更 編定為特定目的事業用地 之既有農業產銷設施， 經認定確有擴展事業使用必要 之毗連土地。
二、非都市土地特定農業區非屬經辦竣農地重劃之農業用地，符合下列情形之一者，得同意申請變更使用：
(一)因防止災害、國防需要、規劃農民住宅所需之用地。
(二)國家重大建設計畫。
(三)經行政院核定之事業、公共設施或公共建設所需用地。
(四)政府機關興辦公共建設或政府機關興辦提供公眾使用之設施所需用地。
(五)中央目的事業主管機關專案核准設立之公益性福利設施。
(六)中央農業主管機關專案核准輔導興建之農業計畫所需用地。
(七)開發面積在二十五公頃以上之住宅社區。
(八)低污染之工業區。
(九)依非都市土地管制規則申請為下列使用者：
1.申請毗連土地變更為丁種建築用地。
2.申請工業區以外為丁種建築用地包圍或夾雜土地，變更為丁種建築用地者。
3.申請毗連甲種或丙種建築用地或已作住宅用地使用之零星土地變更為建築用地。
4.特定農業區供道路使用申請變更編定為交通用地。
5.因重大建設計畫或重大交通建設計畫土地被徵收，申請於自有土地或依已核定住宅重建案變更編定為建築用地。
6.因徵收或撥用，至剩餘建築用地畸零狹小，申請毗鄰土地變更編定為建築用地。
7.特定農業區內公立公墓更新計畫申請變更為墳墓用地。
8.離島或原住民保留地因住宅興建計畫申請變更編定為建築用地。
(十)依非都市土地變更編定執行要點第八點規定，經檢具目的事業主管機關核准文件，申請變更編定為特定目的事業用地者。但申請作為營建土石方收容處理場所者，以依「營建剩餘土石方處理方案」設置且符合下列範圍之使用，始得同意申請變更使用：
1.土方銀行。
2.土石方資源堆置處理場作為暫屯、堆置、填埋、轉運、回收功能者。
